L’efficacité du système d’assainissement repose sur l’envoi d’air dans le bassin d’aération de la microstation à l’aide d’un compresseur situé dans le double couvercle. Ce compresseur est commandé par une horloge, qui lui indique les temps d’aération, et les temps de repos. Le principe est donc d’apporter de l’oxygène dans l’eau. Les bactéries de type « aérobie » (qui ne vivent qu’en présence d’oxygène) vont pouvoir s’y développer et se multiplier fortement. 
Pour se nourrir, elles vont consommer 95 à 97% des matières organiques entrantes. Tout ceci se fait sans bruit et sans odeurs. Ces bactéries dites aérobies sont exactement le contraire de celles des fosses septiques qui sont de type « anaérobie ». Les bactéries anaérobies vivent sans oxygène. La différence se trouve au niveau du résultat et des odeurs. Les bactéries anaérobies ne peuvent digérer que 30% des matières organiques entrantes. Elles génèrent des gaz lourds (méthane, soufre) qui provoquent des odeurs et dégradent les fosses en béton. Ces gaz doivent donc être évacués par la ventilation mise sur le toit de la maison.